Projet COLLEG : Identifier, décrypter l’origine et évaluer la prévalence et le spectre d’hôtes des espèces de Colletotrichum responsables de l’anthracnose des légumineuses

Le projet COLLEG répond à plusieurs enjeux majeurs :

• Renforcer la souveraineté et l’autonomie protéique française en sécurisant les rendements des légumineuses à graines
• Renforcer les connaissances sur les maladies limitant l’atteinte du potentiel de rendement des légumineuses à graines afin de limiter les pertes de production liées à une maladie émergente
• Mieux anticiper les risques sanitaires dans un contexte de changement climatique
• Réduire le recours aux produits phytosanitaires grâce à l’identification de pratiques prophylactiques adaptées
• Stabiliser les revenus des producteurs et renforcer la robustesse des filières légumineuses

Le projet COLLEG s’articule autour de trois axes, déclinés en actions et sous-actions, permettant d’acquérir des connaissances, d’identifier les facteurs de risque et de proposer des outils de gestion de l’anthracnose à Colletotrichum sur les légumineuses à graines.

UNILET est impliqué dans les tâches 1.1 et 1.2 de l’axe 1 ainsi que dans la tâche 2.1 de l’axe 2.

Axe 1 : Identifier et estimer l’abondance et la prévalence des espèce Colletotrichum chez les légumineuses cultivées en France

Tâche 1.1 – Identification et évaluation de l’abondance et de la prévalence de Colletotrichum

• Mise en place d’un réseau de parcelles de légumineuses à graines sur l’ensemble du territoire français.
• Réalisation de prélèvements de plantes symptomatiques et asymptomatiques à différents stades de développement.
• Analyses par approches culturales et non culturales (metabarcoding) afin d’identifier les espèces présentes et d’évaluer leur prévalence.

Tâche 1.2 – Identification des pratiques culturales associées à un risque majoré d’apparition de l’anthracnose

• Collecte d’informations sur les itinéraires techniques, les rotations culturales et les données météorologiques.
• Analyse des liens entre pratiques agricoles, conditions climatiques et apparition de la maladie.

Tâche 1.3 – Renforcement de l’observatoire de la maladie sur les légumineuses

• Extension de l’observatoire existant à l’ensemble des légumineuses suivies.
• Intégration de nouvelles parcelles affectées par la maladie et enrichissement de la base de données.
• Élargissement de l’outil VigiColleto à d’autres légumineuses que le pois.

Tâche 1.4 – Développement ou test d’un outil de PCR multiplex

• Développement d’un outil de détection rapide et spécifique des espèces de Colletotrichum à partir d’échantillons végétaux.
• Validation de l’outil sur des échantillons symptomatiques et asymptomatiques.

Axe 2 : Décrypter l’origine et les facteurs favorisant la maladie : focus sur le pois et le lupin

Tâche 2.1 – Identifier les sources d’inoculum des parcelles

• Étude des semences, du sol et des contaminations aériennes comme sources potentielles d’inoculum.
• Analyses par metabarcoding et qPCR.
• Mise en place de capteurs de spores et suivi précis de l’évolution de la maladie dans les parcelles.

Tâche 2.2 – Réalisation de modèles pour définir les paramètres favorables à l’expression et à l’extension de la maladie

• Développement de modèles permettant de prédire l’apparition de la maladie et le relargage des spores en fonction des données climatiques et agronomiques.
• Validation des modèles au cours du projet.

Axe 3 : Caractérisation physiologique et génétique des populations de Colletotrichum

Tâche 3.1 – Étude de population des espèces majeures

• Analyse de la diversité génétique des populations de Colletotrichum afin de mieux comprendre l’origine des contaminations et leur diffusion.

Tâche 3.2 – Définition in vitro des températures optimales de croissance

• Détermination des températures minimales, maximales et optimales de croissance des isolats collectés.
• Mise en relation avec les données climatiques observées au champ.

Tâche 3.3 – Évaluation de la gamme d’hôtes des espèces isolées

• Réalisation de tests de pathogénicité sur différentes espèces et génotypes de légumineuses afin d’évaluer les risques de transmission entre cultures.

Tâche 3.4 – Évaluation de l’évolution de la gamme d’hôtes en fonction des variations de température

• Étude de l’impact des variations de température sur la pathogénicité et la gamme d’hôtes des espèces de Colletotrichum.